经脉系统是《太古仙域》中的一个重要的元素。三星及以上修者可以解锁经脉并在其中镶嵌宝石，而宝石可以提供任何黄金白银都无法实现的特殊效果，因此了解宝石的作用是太古玩家所必备的知识。其中，三星修者可以装备一块宝石，四星三块，五星五块。这些修者起初都只能装备一块宝石，但四星和五星修者可以随着进化解锁脉络，获得更多装备宝石的空间。
《太古仙域》玩家可以通过闯关切Boss、狩猎或者在帮会商店中获取宝石或者宝石碎片。5个宝石碎片可以合成一块完整的宝石。宝石也能够吞噬其他宝石来升级，发挥更大的作用。另一方面，玩家可以把修者身上已经装备的宝石抠下来回收，作为代价，被抠下来的宝石会下降1级，好在1级宝石不会继续下降。游戏中一共有六种宝石，各自能起到不同的作用。
白色——闪避之石
闪避之石是一种白色宝石。装备闪避之石之后，修者在面对攻击时有一定概率闪避对方的攻击，完全规避此次伤害。闪避之石是六色宝石中特效收益最高的，在任何情况下都是必备之物。
紫色——命中之石
紫色宝石是命中之石。这是一种专门用于反制闪避之石的宝石，当敌方闪避我方的攻击时，我方有一定概率触发命中，使敌方的闪避失效。作为一种PvP宝石，命中之石在闯关、爬塔等PvE环境完全无用(AI不会装备任何宝石)，而在玩家对战中作用较大，因为几乎所有的玩家都会给自己的修者装备闪避之石。
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橙色——必杀之石
橙色宝石是必杀之石。当触发必杀时，修者可以造成168%的伤害。作为攻击向的宝石，必杀之石在任何环境下都能发挥作用，因此也是继闪避之石之后的第二重要的宝石。
红色——暴击之石
红色宝石是暴击之石。当触发暴击时，修者可以造成158%的伤害。暴击之石与必杀之石非常类似，而且暴击的触发率比必杀要高得多。但另一方面，暴击伤害比必杀伤害要略低一些，而且如同命中反制闪避一样，有宝石专门用于反制暴击(就是下文提到的格挡之石)，因此暴击之石比必杀之石更倾向于闯关、爬塔等PvE应用。
黄色——格挡之石
黄色宝石是格挡之石。与命中之石类似，格挡之石是一种PvP宝石，用于反制暴击之石。当敌方攻击触发暴击时，我方有一定概率触发格挡，使敌方的攻击伤害下降到45%。被格挡的暴击伤害反而比不触发暴击时更低，因此格挡之石对暴击之石的反制效果还是相当明显的，关键的问题在于，不是所有修者都会装备暴击之石，因此格挡之石的实用性受到了限制。
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绿色——反击之石
反击之石是一种绿色宝石。当敌方攻击我方之后，我方有一定概率触发反击，立刻对敌方再造成一次50%的伤害。反击之石在PvE和PvP环境下都可以发挥作用，但作为防御向的宝石，反击的伤害偏低，而且必须先挨打才有概率反击，如果修者直接被打死了，那么反击就无从谈起了。因此反击之石的装备率在玩家中不是很高，经常和格挡之石争夺五星修者的第五脉的位置。
随着游戏的运营，《太古仙域》的玩家在游戏中总结出了一套最实用的宝石配装——三星修者一律装备闪避之石;四星修者装备闪避、必杀和暴击;五星修者的前四脉装备闪避、必杀、暴击、命中，第五脉则在格挡和反击中二选一。当然，这不意味着其他配装就变得无用，如果玩家有意剑走偏锋，也许反而能发挥意想不到的作用。